余庆县始建于明万历二十九年（1602）。　

西晋初，分汉代且兰县地置万寿县，为牂牁郡治，有今余庆县地。历南朝宋、齐、梁、陈，万寿县无变。　隋代以万寿县扩置牂牁县，为牂牁州牂牁郡治，今县地在境内。　　唐武德三年（620），以牂牁地置牂州，余庆属牂牁牂州境。四年（621），牂州改名柯州，余庆属其辖。随即，柯州又改名牂州，原牂牁县为建安县，仍为州治，余庆属牂州建安县辖。乾符三年（876），设白泥、余庆（敖溪）两地校尉，属牂牁县辖。

　南宋绍定元年（1228），今余庆隶绍兴府所领羁縻小州辖境。　　元至元十四年（1277），属播州安抚司辖地。十八年（1281），升播州安抚司尉宣慰司，余庆属其辖。二十一年（1284），撤播州宣慰司，以播州与思州并入顺元路宣慰司，隶四川行省，余庆属之。不久，复置播州宣慰司，余庆受其辖。二十六年（1289），改播州宣慰司为播南路，余庆属播南路辖。二十八年（1291），改播州安抚司为军民宣抚司，余庆属之。是年，升余庆长官司为余庆州。至正二十三年（1363），明玉珍据蜀，余庆属明夏占据境域，改白泥长官司等地为白泥州。　明洪武五年（1372），思州、播州归入明朝，余庆、白泥二州随归，隶四川行省。十七年（1384），余庆、白泥二州复改为长官司，属播州宣慰司，隶四川布政司。嘉靖三十年（1551），别置走马坪寨。万历二十九年（1601），合余庆、白泥两土司地置余庆县，属平越军民府，隶贵州布政使司。　　清嘉庆三年（1798），改平越军民府为平越直隶州，余庆县仍隶之。民国二年（1913），废府州后，余庆县属黔中道。民国九年（1920），废道后直属于省。民国二十四年（1935），属贵州第七行政督察区。民国二十六年至三十八年（1937～1939），隶第一行政督察区。

　1949年11月12日，余庆县解放后，隶镇远专区，1956年改隶遵义地区。1958年撤余庆县，并入湄潭县。1961年恢复余庆县，建制至今未变。